Es un pez ángel típico, con un cuerpo grueso y comprimido lateralmente, y una pequeña boca con dientes diminutos. Solamente tiene una aleta dorsal, al contrario que muchos perciformes. 

Tiene 13-14 espinas dorsales, entre 17 y 21 radios blandos dorsales, 3 espinas anales y entre 18 y 21 radios blandos anales.

El pez ángel emperador adulto posee un vistoso colorido: una máscara negra que se extiende desde los ojos hasta el principio del tronco, un cuerpo amarillo con rayas azules horizontales, una cola amarilla y una aleta anal violeta.

Los especímenes jóvenes son azul oscuro con el margen de la aleta caudal y de la aleta dorsal blancas, y unas líneas semicirculares blancas, alternando con otras azul claro, en cuyo centro tienen una línea ovoide, situada delante de la aleta caudal. 

Esta coloración es muy similar a la de los juveniles de la especie Pomacanthus semicirculatus, y la diferencia más notoria es que la línea blanca en forma de "C", situada en la parte posterior del cuerpo, en el caso de P. imperator es más cerrada, y en su interior tiene una línea en forma ovoide, y otras en forma de círculos situadas en las aletas anal y dorsal. Mientras que el P. semicirculatus juvenil, tanto dentro de la "C", como en las aletas, tiene pequeñas líneas irregulares alargadas.